波恩大学University of Bonn是德国的大型高校、研究型高校联盟——U15大学联盟的重要成员。该联盟的15所德国顶尖高校,占德国高校总数的13%,承担了37%的第三方资助、60%的医科资助、43%的博士授予,并获得了43%的莱布尼茨奖。波恩大学同时也是由牛津大学于1990年牵头成立的欧洲大学联盟(拉丁语:Europaeum)的重要创始成员。由欧洲十所大学组成的该联盟,旨在通过促进包括牛津大学、巴黎第一大学、波恩大学、莱顿大学等在内的十所欧洲大学的学术研究来推动欧洲高等教育的整体进步。